檢測的主要項目有：
(1)有機(天然)食品的一般成分分析(包括：比重、水分、灰分、蛋白質、脂肪、還原糖、蔗糖、淀粉、粗纖維等).
(2)有機(天然)食品中有害元素的測定(汞、砷、鉛、鎘、錫.氟等)。
(3)有機(天然)食品農藥殘留量的測定(包括有機磷農藥殘留量、六六六、滴滴涕等).
(4)有機(天然)食品中添加劑的測定(包括：亞硝酸鹽與硝酸鹽、亞硫酸鹽、糖精、山梨酸、苯甲酸、禁用防腐劑、食用人工合成色素等).
(5)食品中細菌的測定(包括：細菌總數、大腸菌群數、沙門菌、病原性大腸艾希菌、副溶性弧菌、葡萄球菌等)。